学内で掲載した問題で複数問修正したいです。一括で修正することはできますか？

. はい。可能です。
メニューバーの「問題管理」を選び、「問題管理」を開きます。
画面右上にある「一括登録」のボタンを押します。
画面が切り替わったら、真ん中あたりにある「エクスポート」の項目の「エクスポート」のボタンを押します。
学内で追加登録したすべての問題がエクセルでダウンロードできます。

ダウンロードしたエクセルから、一番上の見出しと修正した問題にします（不要な問題をすべて削除）。
対象の問題を修正したのち、エクセルの「動作」（AS列）に「更新」と入力します。

上記、エクセルをダウンロードした画面の上にある「インポート」の項目の「ファイルを選択」を押し、修正したエクセルを選択します。
画面上で、選択したファイル名が表示されているか、確認してください。
その後、「インポート」のボタンを押すと、問題の修正が可能です。

操作の詳細は、CKSJのサイトにログイン後、メニューバーから「利用ガイド」を開き、対象のマニュアルをご参照ください。

■■参照マニュアル

■ユーザーマニュアル
マニュアル目次：Ch2_問題作成基本　3ページ