Foundation（電子教科書）利用中にタイムアウトしてしまいます。時間を延長することはできますか？

はい。可能です。
Assessmentのメニューバーの「ユーザー管理」から、「セッション管理」を開きます。画面上で、タイムアウトの時間とタイムアウト前にアラートを表示する時間を設定できます。
この設定は、すべてのユーザー（教員および学生）を対象としています。
時間は最大120分です。ログインして何もしない（操作がない）場合に適応されます。作業や解答などで、操作が確認できた場合、時間はリセットされます。
アラートはタイムアウト時間よりも前に設定する必要があります。

操作の詳細は、CKSJのサイトにログイン後、メニューバーから「利用ガイド」を開き、対象のマニュアルをご参照ください。
■■参照マニュアル

■ユーザーマニュアル
マニュアル目次：Ch.8 ユーザー管理関連　13ページ